Die ersten Kirchenbücher entstanden schon im 16. Jahrhundert, damals oft noch im Auftrag des Landesherren, und waren dort noch handschriftlich erstellt. Erst mit dem frühen 19. Jahrhundert gab es Vordrucke, die eine mehr oder minder einheitliche Struktur in die Kirchenbücher brachten. In der Österreichischen Monarchie wurden die Kirchenbücher im Vordruck der Landessprache des jeweiligen Kronlandes angepasst. Ein Alphabetisches Namensregister wird erst ab dem 19. Jahrhundert gebräuchlich, war aber nicht Pflicht, und lag somit im Ermessen des Pfarrers.
Kirchenbücher wurden im Zeitalter des päpstliche Absolutismus im 16. bzw. 17. Jahrhundert eingeführt. Man befand sich mitten in der Gegenreformation, der Glaube war gespalten in katholische und protestantische Lehre. Papst Paul III. (er war Papst von 1534-1549) berief das Trienter Konzil (1545-1549) zu seiner 24. Sitzung ein. Sein Ziel war es die Postition der katholischen Kirchen in bewegten Zeiten abzusichern. Die Einführung von Kirchenbüchern wurde am 11. November 1563 als Maßnahme im Kampf gegen den Zwinglianismus und Kalvinismus eingeführt. Man dokumentierte wie viele Menschen katholischen Glaubens waren, und führte die die vom Glauben abgefallen waren in parallelen Registern, den sogenannten Simultanregistern, wenn man kein separates Büchlein führte wurden die Ortsansässigen Protestanten als „operarii lutheranii“ im katholischen Kirchenbuch, was solviel bedeutet wie „im Sinne Luthers tätig“, gekennzeichnet.
Zunächst führte man Taufbücher und Heiratsbücher ein, Sterberegister gab es erst ab 1614, dies wurde im im Rituale Romanum beschlossen, als man auch die Formulare für die Tauf und Ehebücher vereinheitlichte. Praktisch konnte die großflächige Wirksamkeit erst nach Ende des Dreißigjährigen Krieges umgesetzt werden. Auch andere Kriege, wie die Türkenkriegen 1529, 1683, die Napoleonischen Kriege 1797-1809 und nicht zuletzt der II. Weltkrieg 1938 – 1945 führten dazu dass immer wieder Kirchenmatriken verloren gingen.
Erst Kaiser Joseph II. (Regierungszeit 1780-1790) führte im Zuge zahlreicher Reformen die Verpflichtende doppelte Führung von Kirchenbüchern ein. Am 20. Februar 1784 wurde eine Verfügung unterzeichnet, die die Art und Weise der Führung von Kirchenmatriken vorschrieb. Die neue, dem Pfarrer obliegende Pflicht Personenstandsregister über das Jahr zu führen und auszuwerten war für den Staat wichtig. Diese Statistiken wurden an das Kreisamt gesendet, man verfügte nun über die Bevölkerungszahlen, und konnte die Zahl der wehrpflichtigen Männer in den Konskriptionsbezirken bestimmen.
Am 1. Jänner 1876 wurde im deutschen Reich ein Personenstandsgesetz verabschiedet, die staatlichen Standesämter führten nun die Bücher. Kirchliche Aufzeichnungen wurden aber parallel in gewohnter Form weitergeführt. Eine besondere Bedeutung kam den Kirchenbüchern in der NS Zeit zu, als der Abweis der Nachstammung vom Staat gefordert wurde. Es war notwendig sich Abschriften aus Kirchenbüchern zu besorgen, die Pfarre bestätigte die Richtigkeit der Angaben. Damals entstanden auch die Dorfsippenbücher. Die Kirchenbücher wurden verkartet, und die Menschen entsprechend Ihrer Zusammengehörigkeit zu Familien zusammengefasst.
Viele alte Kirchenmatriken werden heute in Archiven zentral aufbewahrt, um sie so vor dem Verlust zu schützen. Einige Kirchenbücher wurden mikroverfilmt. Ansprechpartner für diese Mikroverfilmungen sind die Deutsche Zentralstelle für Genealogie in Leipzig, und die Genealogische Gesellschaft von Utah (Mormonen).